多肽是復(fù)雜的大分子，因此每條序列在物理和化學(xué)特性上都是獨(dú)特的。有些多肽合成很困難，另有些多肽雖然合成相對(duì)容易，但純化困難。*常見(jiàn)的問(wèn)題是許多肽不溶于水溶液，因此在純化中，這些疏水肽必須溶于非水溶劑中，或特殊的緩沖液，而這些溶劑或緩沖液很可能不適合應(yīng)用于生物實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)，因此研究人員不能使用該肽達(dá)到自己的目的，因此下面是對(duì)于研究人員設(shè)計(jì)多肽的一些建議。

合成困難肽的選擇

1. 減少序列長(zhǎng)度

由于肽的長(zhǎng)度增加導(dǎo)致粗產(chǎn)物純度降低，小于15個(gè)殘基的肽能較容易得到。當(dāng)肽鏈長(zhǎng)度增加到20個(gè)殘基以上時(shí)，正確產(chǎn)物的量就是一個(gè)主要考慮的問(wèn)題。在許多實(shí)驗(yàn)中，降低殘基數(shù)低于20往往能得到更好的結(jié)果。

2. 減少疏水殘基數(shù)

疏水殘基占明顯優(yōu)勢(shì)的肽，尤其在距C端7~12個(gè)殘基的區(qū)域，常常引起合成困難。這通常被認(rèn)為是由于合成中形成β折疊片，這樣產(chǎn)生不完全偶聯(lián)。在這些例子中，用一個(gè)或幾個(gè)極性殘基置換，或加入Gly或Pro以打開(kāi)肽結(jié)構(gòu)可能會(huì)有幫助。

3.減少“困難”殘基

有多個(gè)Cys、Met、Arg、Try殘基通常難于合成。Ser通常可作為Cys的非氧化替換。

改善可溶性的選擇

1. 改變N端或C端

對(duì)于酸性肽（即pH值為7時(shí)帶負(fù)電荷），我們推薦乙?；∟端乙酰化，C端保持自由羧基），以增加負(fù)電荷。而對(duì)于堿性肽（即pH值為7時(shí)帶正電荷），我們推薦酰氨化（N端自由氨基，C端酰氨化），以增加正電荷。

2.縮短或加長(zhǎng)序列

某些序列含有大量疏水氨基酸，如Trp、Phe、Val、Ile、Leu、Met、Tyr和Ala等，當(dāng)這些疏水殘基大于50%通常難于溶解。為了增加肽的極性，加長(zhǎng)序列可能會(huì)有幫助。另外一種選擇是通過(guò)減少疏水殘基的方法降低肽鏈的長(zhǎng)度以增加極性。肽鏈極性越高，就越有可能溶于水。

3.加入可溶性殘基

對(duì)于某些肽鏈而言，加上一些極性氨基酸能改善可溶性。我們推薦給酸性肽的N端或C端加上Glu-Glu。給堿性肽的N端或C端加上Lys-Lys。如果不能加入帶電荷基團(tuán)，可以將Ser-Gly-Ser加到N端或C端。但是，肽鏈的兩端不能改變時(shí)，該方法則不可行。

4.通過(guò)置換一個(gè)或多個(gè)殘基改變序列

肽鏈的可溶性可通過(guò)改變序列內(nèi)某些殘基來(lái)改善。通常單個(gè)殘基的替換就能顯著改善其疏水性，而這種改變通常是較為保守的，如用Gly代替Ala。

5.通過(guò)選用不同“框架”來(lái)改變序列

如果能用某個(gè)序列來(lái)制備許多長(zhǎng)度一定的相互串連或重疊的多肽，則可以用改變各個(gè)多肽起始點(diǎn)的方法來(lái)實(shí)現(xiàn)改變序列的目的。其原理是：在同一多肽的親水和疏水殘基間創(chuàng)造新的更好的平衡，或?qū)⑼欢嚯膬?nèi)的“困難”殘基（比如2個(gè)Cys）放進(jìn)兩個(gè)不同的多肽而不是集于同一分子內(nèi)。